Identification de la formation
Code de formation: 
7986
Domaine - Formacode: 
information scientifique et technique

R Markdown was designed for easier reproducibility, since both the computing code and narratives are in the same document, and results are automatically generated from the source code. R Markdown supports dozens of static and dynamic/interactive output formats. (Grolemund 2019)

RMarkdown repose sur une syntaxe structurée minimaliste. Les fichiers .rmd peuvent être convertis sous plusieurs formats : html, .docx, etc. [Voir un exemple de fichier .rmd](https://stateofther.github.io/finistR2017/rmarkdown.html#comment-ca-marche) (Le groupe State Of The R. in Roscoff 2017).

Les familiers de LaTeX retrouveront cette distinction entre contenu et forme. L'un des avantages majeurs de RMarkdown est de pouvoir intégrer dans un même fichier : du code R, les résultats du code et du texte. Voir comment [créer des graphiques avec RMarkdown](http://biodatascience-course.sciviews.org/sdd-umons/graphiques-dans-r-ma...)(Grosjean and Engels 2019).

Comparatif RMarkdown/Traitement de texte

Facilité de prise en main : traitement de texte : 1 / RMarkdown : 0

... mais, restent à charge de l'utilisateur de traitement de texte :

la vérification de l'application des normes typographiques (espaces insécables, doubles espaces, etc.) ; la gestion des renvois à des figures ou sections de texte, paragraphes ; dans le pire des cas, la gestion manuelle des références biblios (#ZoteroWhat?)!

LaTeX sobre todo?

Pas si sûr, selon A. Hobeika et F. Bédécarrats (Hobeika and Bédécarrats 2017). Le ticket d'entrée technique est plus élevé (des balises, encore des balises) que celui de RMarkdown et LaTeX n'offre que des possibilités limitées pour le travail collaboratif.

Oui, mais Python là-dedans?

Le lien entre R et Python est possible. Vous pouvez vous référer à [ce chapitre](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/language-engines.html#python) (Grolemund 2019) qui explique le fonctionnement du package [Reticulate](https://rstudio.github.io/reticulate/).

Pourquoi Bookdown : et pourquoi pas un Jupyter notebook?

[Le package Bookdown permet de réaliser des ouvrages avec RMarkdown, exportables sous différents formats (PDF, EPub, etc.)](https://statistique-et-logiciel-r.com/creer-un-livre-document-avec-bookd...). Voici un [exemple](https://r4ds.had.co.nz/) (Wickham and Grolemund 2016).

[Voir un comparatif entre les Jupyter notebooks et RMarkdown](https://yihui.name/en/2018/09/notebook-war/#how-about-r-markdown-notebooks) (Yihui 2018). Spoiler alert : RMarkdown prend la tête du classement. Mais voir aussi (Barba et al. 2019), car tout n'est pas noir au pays des Jupyter notebooks.

Contenus du stage

La formation mêle apports méthodologiques et TP. Le travail est effectué avec l'IDE RStudio mais il est possible de compiler les fichiers avec d'autres solutions (Pandoc, lignes de commande, etc.).

- Introduction :
- La programmation "lettrée"
- La recherche reproductible

- Premiers rapports automatisés en Rmarkdown :
- Principe de la production

Contenus pédagogiques
Objectifs: 
- Produire des documents mêlant textes, résultats d’analyses statistiques et des graphiques, faciles à mettre à jour et à diffuser - Citer des références biblios sous R - Améliorer la reproductibilité de ses pratiques sous R via les principes de la programmation lettrée - Concevoir des documents dynamiques élaborés avec le package Bookdown Le stage s'adresse aux personnes maîtrisant déjà R. Se munir d'un portable équipé de R et RStudio ; prévoir ses identifiants de sa structure (université, CNRS, Inria, Inra, etc.) pour connexion au wifi : - [réseau Eduroam :](https://www.eduroam.fr/) un accès sans fil sécurisé à l’Internet pour toute personne (étudiants, personnels) disposant d'une identité numérique IDNUM (identifiant et mot de passe). Il est disponible sur les campus universitaires membres du réseau Eduroam, dont fait partie l'Université de Bordeaux ainsi que la plupart des universités européennes. - r[éseau Réaumur :](http://bibliotheques.u-bordeaux.fr/Site-Institutionnel/Campus/Services-numeriques/Wifi2) un accès non sécurisé et limité mais fonctionnel pour la consultation de pages web et de la messagerie. Il est notamment à destination des personnes invitées, de passage sur le campus de l'université de Bordeaux.
Public visé: 
tout public
Résultats attendus de la formation: 
- Produire des documents mêlant textes, résultats d’analyses statistiques et des graphiques, faciles à mettre à jour et à diffuser - Citer des références biblios sous R - Améliorer la reproductibilité de ses pratiques sous R via les principes de la programmation lettrée - Concevoir des documents dynamiques élaborés avec le package Bookdown Le stage s'adresse aux personnes maîtrisant déjà R. Se munir d'un portable équipé de R et RStudio ; prévoir ses identifiants de sa structure (université, CNRS, Inria, Inra, etc.) pour connexion au wifi : - [réseau Eduroam :](https://www.eduroam.fr/) un accès sans fil sécurisé à l’Internet pour toute personne (étudiants, personnels) disposant d'une identité numérique IDNUM (identifiant et mot de passe). Il est disponible sur les campus universitaires membres du réseau Eduroam, dont fait partie l'Université de Bordeaux ainsi que la plupart des universités européennes. - r[éseau Réaumur :](http://bibliotheques.u-bordeaux.fr/Site-Institutionnel/Campus/Services-numeriques/Wifi2) un accès non sécurisé et limité mais fonctionnel pour la consultation de pages web et de la messagerie. Il est notamment à destination des personnes invitées, de passage sur le campus de l'université de Bordeaux.
Modalités d'alternance: 
pas d'alternance
Conditions spécifiques: 
Se munir d'un portable équipé de R et Rstudio / Maîtriser les bases de R : savoir importer un jeu de données ; définir le répertoire courant ; charger et installer des packages, etc. ; connaître les bases de la syntaxe du langage R ; savoir faire quelques graphiques simples
Déroulement du stage
Modalités d'enseignement: 
Formation entièrement présentielle
Durée (heures): 
9 heures
Période de formation: 
Je, 17/10/2019 - Ve, 18/10/2019
Inscription
Période d`inscription: 
Je, 17/10/2019 - Me, 16/10/2019
Prise en charge des frais de formation possible: 
Oui
Contact de l'action de formation: 

URFIST de Bordeaux (4 avenue Denis Diderot 33607 PESSAC)

Nom: 
URFIST de Bordeaux
Adresse: 
4 avenue Denis Diderot
Code postal: 
33607
Ville: 
PESSAC
Téléphone fixe: 
05 56 84 29 19
Fax: 
05 56 84 86 96
Courriel: 
urfist@u-bordeaux.fr
Web: 
weburfist.univ-bordeaux.fr/
Région: 
Aquitaine
Organisme formateur: 
URFIST de Bordeaux
Organisme de formation: 
URFIST de Bordeaux
Domaine - NSF: 
325
Domaine - Rome: 
32214
Niveau à l'entrée en formation: 
Information non communiquée
Niveau à l'entrée en formation obligatoire: 
Non
Formation certifiante: 
Non
Rythme de la formation: 
Temps plein
Modalités d'entrée sortie: 
Entrées / sorties à dates fixes
Langue utilisée lors de la formation: 
Français