Identification de la formation
Code de formation: 
2022-9501
Domaine - Formacode: 
information scientifique et technique

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Le markdown et le R markdown : quésaco ?

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Créer un fichier Rmd, travailler avec, puis le compiler vers différents formats classiques : pdf, doc, html

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Maîtriser les options du header YAML pour personnaliser l’output

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Utilisation des templates

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Inclure du code R ou d’un autre langage pour lire des données, les traiter et afficher des graphes ou des tableaux.

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Personnaliser les paramètres d’affichage des blocs de code

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Insérer une figure externe, un tableau, une formule, des références internes ou vers une bibliographie

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Utilisation des paramètres

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Compilation vers des formats plus “élaborés” : livre pdf et livre web avec bookdown, dashboards interactifs avec flexdashboard, présentations PowerPoint, beamer et ioslides.

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Créer un site web statique avec blogdown et hugo

Contenus pédagogiques
Objectifs: 
- Utiliser les documents R markdown pour la science reproductible : documenter sa démarche, inclure son traitement de données, partager ses résultats de manière ouverte - Maitriser les documents R markdown pour : - L’écriture scientifique (avec formules, figures, tableaux et références) vers tous types de formats (pdf, doc, html) - Faire des rapports automatiques - Faire un site web statique, un livre en ligne (exemples de sites faits en Rmd : le site du [LMI](http://lmi.cnrs.fr/) et [le site du cours](http://lmi.cnrs.fr/r)) - Exemples d’utilisation : écrire un article scientifique ou un “supplementary materials”, un rapport d’expérience, faire un grand nombre de sujets d’examen avec des valeurs variables, écrire un sujet de TD avec choix de l’affichage du corrigé intégré, faire un site web perso ou de laboratoire, écrire un livre et le publier en pdf et sur le web…
Public visé: 
tout public
Résultats attendus de la formation: 
- Utiliser les documents R markdown pour la science reproductible : documenter sa démarche, inclure son traitement de données, partager ses résultats de manière ouverte - Maitriser les documents R markdown pour : - L’écriture scientifique (avec formules, figures, tableaux et références) vers tous types de formats (pdf, doc, html) - Faire des rapports automatiques - Faire un site web statique, un livre en ligne (exemples de sites faits en Rmd : le site du [LMI](http://lmi.cnrs.fr/) et [le site du cours](http://lmi.cnrs.fr/r)) - Exemples d’utilisation : écrire un article scientifique ou un “supplementary materials”, un rapport d’expérience, faire un grand nombre de sujets d’examen avec des valeurs variables, écrire un sujet de TD avec choix de l’affichage du corrigé intégré, faire un site web perso ou de laboratoire, écrire un livre et le publier en pdf et sur le web…
Modalités d'alternance: 
pas d'alternance
Conditions spécifiques: 
Pas de domaine scientifique spécifique attendu : ce qui est vu dans ce cours est adapté à tous les domaines. Le participant vient avec son ordinateur avec R et Rstudio installés. Le participant a des connaissances de base sur le langage R : création et manipulation des objets sous R, installation de packages, importation des données. Des connaissances en LaTeX sont un plus mais pas une nécessité – mais une installation de LaTeX sera nécessaire pour créer des fichiers pdf à partir des fichiers Rmd.
Déroulement du stage
Modalités d'enseignement: 
Formation entièrement présentielle
Durée (heures): 
7 heures
Période de formation: 
Je, 19/05/2022
Inscription
Période d`inscription: 
Je, 19/05/2022 - Me, 18/05/2022
Prise en charge des frais de formation possible: 
Oui
Contact de l'action de formation: 

URFIST de Lyon (20 Avenue Gaston Berger 69603 Villeurbanne)

Nom: 
URFIST de Lyon
Adresse: 
20 Avenue Gaston Berger
Code postal: 
69603
Ville: 
Villeurbanne
Téléphone fixe: 
04 72 43 12 89
Courriel: 
cherifa.boukacem@univ-lyon1.fr
Web: 
urfist.univ-lyon1.fr/
Région: 
Rhône-Alpes
Organisme formateur: 
URFIST de Lyon
Organisme de formation: 
URFIST de Lyon
Domaine - NSF: 
325
Domaine - Rome: 
32214
Niveau à l'entrée en formation: 
Information non communiquée
Niveau à l'entrée en formation obligatoire: 
Non
Formation certifiante: 
Non
Rythme de la formation: 
Temps plein
Modalités d'entrée sortie: 
Entrées / sorties à dates fixes
Langue utilisée lors de la formation: 
Français